区分制では修士課程にあたる一貫制博士1－2年次においても、博士課程の授業料が適用されます。また早稲田大学には、「大学院博士後期課程若手研究者養成奨学金」「小野梓記念奨学金」「若手研究者研究奨励奨学金（WISE）」を始めとして、様々な給付奨学金制度があります。さらに教育研究に専念できるよう最大月額20万円（税込）の奨励金を支給します。（2018年度まで。奨励金を受給した場合は、日本学生支援機構奨学金などの受給が出来ません。また、TA、RA、アルバイトの就労時間にも学内の制限があります）
奨励金受給者一覧
本プログラムでのコースワーク「海外研究機関実習」「企業インターンシップ」などに必要な旅費・滞在費は別途支給します。また特に優秀な学生には、学生本人が使用可能な推進研究費を配布し、学生の自由な発想に基づく研究を、より自主的に実施可能な環境を確保します。
リーディングプログラム生専用の学生居室を設置しており、同じ志を持つ仲間と切磋琢磨できる環境を用意しています。TV会議システムや学習スペース、ミーティングスペースなど、自由に利用できます。
早稲田大学理工系の共同利用研究施設である物性計測センタ－（理工学術院リサーチサポートセンター物性計測部門）には電子顕微鏡や核磁気共鳴装置など多数の大型分析装置や計測機器を設置しています。測定・解析法の相談や、装置実習や入門セミナーなどの教育プログラムも提供しています。
